Une étude montre l’utilité clinique du séquençage de l’ARN des cellules du liquide amniotique dans le diagnostic prénatal des maladies rares

Une équipe de recherche clinique du Département de pédiatrie et de médecine de l’adolescent et du Département d’obstétrique et de gynécologie, Faculté de médecine clinique, LKS University of Hong Kong Medical School (HKUMed) mène la découverte de l’application de cellules de liquide amniotique obtenues au cours de 16 années. 24 semaines de grossesse comme nouveau type d’échantillon pour le séquençage de l’ARN dans le diagnostic prénatal afin d’aider davantage de familles avec une prise en charge clinique personnalisée. Il s’agit de la première étude de preuve de concept démontrant l’utilité clinique potentielle du séquençage de l’ARN des cellules du liquide amniotique dans la littérature. Les résultats révolutionnaires ont été publiés dans la principale revue universitaire, npj médecine génomique.

Arrière-plan

Les maladies rares sont généralement d’origine génétique. Bien qu’individuellement rares, les maladies collectivement rares ont été trouvées chez 1 personne sur 67 dans la population de Hong Kong, selon l’étude antérieure de l’équipe. L’identification de la cause génétique dans les maladies rares peut fournir des conseils précis pour une meilleure prise en charge clinique et la planification des futures grossesses, ce qui est essentiel pour soutenir les patients. Les technologies actuelles de diagnostic prénatal reposent en grande partie sur l’ADN, et une grande partie (60 à 70 %) reste non diagnostiquée, ce qui entraîne une incertitude clinique et une anxiété parentale. Récemment, le séquençage de l’ARN s’est avéré augmenter le rendement diagnostique de 10 à 36 % ; cependant, aucune de ces études ne portait sur le diagnostic prénatal. En outre, malgré la disponibilité d’une grande base de données bien établie cataloguant le profil d’expression génique de différents tissus pour les adultes, un ensemble de données similaire accessible au public pour les cellules du liquide amniotique reflétant le stade embryonnaire et fœtal fait défaut. Par conséquent, davantage d’études et de recherches sur le séquençage de l’ARN dans le cadre prénatal sont nécessaires.

Résultats de l’enquête

L’équipe de recherche a démontré l’utilité clinique potentielle du séquençage de l’ARN des cellules du liquide amniotique. Un profil d’expression génique de base des cellules du liquide amniotique est établi par séquençage d’ARN dans plus de 50 échantillons de liquide amniotique. Le profilage de l’expression génique est une étape essentielle dans l’application du séquençage de l’ARN au flux de travail de diagnostic clinique sélectionné d’aujourd’hui. Ils ont découvert que le nombre de gènes bien exprimés dans les cellules du liquide amniotique était comparable à d’autres tissus cliniquement accessibles qui sont couramment utilisés pour le diagnostic génétique dans différentes catégories de maladies. L’équipe de recherche a également comparé les données de séquençage de l’ARN de quatre fœtus affectés présentant des anomalies congénitales structurelles à la ligne de base établie pour détecter les valeurs aberrantes potentielles. En collaboration avec l’Université technique de Munich en Allemagne, un pipeline bioinformatique a été adapté pour améliorer la détection des valeurs aberrantes pour l’analyse en aval. Une curation plus poussée a montré que des valeurs aberrantes peuvent être identifiées dans les gènes associés aux anomalies congénitales structurelles correspondantes chez les quatre fœtus affectés. L’identification des valeurs aberrantes fournit des preuves supplémentaires au niveau de l’ARN pour faciliter le diagnostic.

Le sens de l’étude

Les découvertes de cette étude ont des implications significatives pour résoudre les maladies rares non diagnostiquées à Hong Kong. C’est la première fois que le séquençage de l’ARN des cellules du liquide amniotique est rapporté dans la littérature comme offrant une utilité clinique potentielle dans le diagnostic prénatal. Avec l’identification de la cause génétique, une médecine de précision est possible, comme la prise en charge clinique personnalisée et le diagnostic génétique préimplantatoire pour les familles ayant des antécédents familiaux.

Cette étude a été sélectionnée en tant que «Reviewers’ Choice Abstract» (top 10% des résumés d’affiches) lors de la réunion annuelle 2022 de l’American Society for Human Genetics (ASHG), l’une des plus grandes conférences de ce type, au cours de laquelle des scientifiques du monde entier sont sélectionnés pour présenter leurs résultats de recherche de pointe en collaboration.

C’est un honneur pour l’affiche HKUMed d’être sélectionnée et classée dans le top 10% des résumés d’affiches lors de cette prestigieuse conférence internationale. Le séquençage de l’ARN a un grand potentiel pour résoudre des troubles génétiques inexpliqués. Nous continuerons à renforcer les liens et les collaborations avec des institutions à Hong Kong et à l’étranger, à contribuer à la recherche scientifique internationale et à apporter des avantages à nos patients locaux. »

Dr Brian Chung Hon-yin, généticien clinique, professeur agrégé de clinique, Département de pédiatrie et de médecine de l’adolescent, Faculté de médecine clinique, HKUMed

Le Dr Anita Kan Sik-yau, professeure agrégée honoraire de clinique, Département d’obstétrique et de gynécologie, Faculté de médecine clinique, HKUMed cum directrice adjointe du laboratoire de diagnostic prénatal de l’hôpital Tsan Yuk a ajouté : « À l’occasion mémorable de l’hôpital Tsan Yuk ( TYH) de 100 ans, cette étude a démontré le service exceptionnel de TYH à Hong Kong au cours du siècle dernier et ses efforts continus pour contribuer à tous ceux qui en ont besoin, ainsi que des recherches innovantes.

À propos de l’équipe de recherche

Cette recherche a été dirigée par Brian Chung Hon-yin, MD, professeur agrégé de clinique, Département de pédiatrie et de médecine de l’adolescent, Faculté de médecine clinique, HKUMed ; Dr Anita Kan Sik-yau, professeure agrégée honoraire de clinique, Département d’obstétrique et de gynécologie, Faculté de médecine clinique, HKUMed. Mianne Lee, candidate au MPhil, et le Dr Anna Kwong Ka-yee, assistante de recherche, Département de pédiatrie et de médecine de l’adolescent, École de médecine clinique, HKUMed sont les premiers auteurs.

Parmi les autres collaborateurs figuraient Christopher Mak Chun-yu, MD, Martin Chui Man-chun, Jeffrey Chau Fong-ting, Département de pédiatrie et de médecine de l’adolescent, Faculté de médecine clinique, HKUMed ; Dr Kelvin Chan Yuen-kwong, Dr Sandy Au Leung-kuen et Lo Hei-man, Département d’obstétrique et de gynécologie, Faculté de médecine clinique, HKUMed. Les collaborateurs internationaux étaient le professeur Julien Gagneur et le Dr Vicente A Yépez du Département d’informatique de l’Université technique de Munich, Garching, Allemagne.