Neha Mathur

Un examen des virus respiratoires surveillés dans des échantillons d’eaux usées.

*Nouvelles importantes: medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et ne doivent donc pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.

Dans une étude récente publiée dans le medRxiv* Dans le serveur de préimpression, les chercheurs déterminent la teneur en acides nucléiques de divers types de virus dans des échantillons prélevés dans des usines de traitement des eaux usées dans le but de corréler ces informations avec des données cliniques sur l’apparition de maladies dans la communauté.

Étude: Concentrations de virus respiratoires dans les excrétions humaines contribuant aux eaux usées : une revue systématique. Crédit d’image : APIWAN BORRIKONRATCHATA / Shutterstock.com

Arrière-plan

Les acides nucléiques viraux, qui peuvent se présenter sous la forme d’acide désoxyribonucléique (ADN) ou d’acide ribonucléique (ARN), pénètrent dans les eaux usées à partir de divers excréments humains, tels que l’urine, le mucus, les matières fécales, les expectorations et la salive. Par conséquent, la surveillance des virus respiratoires dans les eaux usées pourrait être un outil viable pour les responsables de la santé publique afin d’identifier les tendances d’infection au niveau de la communauté ou de la population.

Pendant la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), l’épidémiologie basée sur les eaux usées (WBE) a contribué à soutenir les efforts de santé publique pour surveiller la propagation du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2). . Ces informations ont par la suite soutenu l’utilisation de cette approche de surveillance pour surveiller les taux de transmission du VRS et de la grippe au sein de la communauté, car ces niveaux ont également reflété les taux d’incidence clinique de ces virus. .

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À propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont recueilli et synthétisé la littérature scientifique publiée sur les concentrations et les schémas d’excrétion des virus respiratoires dans tous les types d’excréments humains entrant dans les eaux usées. Des études sélectionnées ont examiné le VRS, le rhinovirus, le virus parainfluenza, les virus de la grippe humaine A et B, le métapneumovirus et les coronavirus saisonniers, notamment HKU1, OC43, 229E et NL63.

Le principal résultat de l’étude était d’estimer la concentration d’acides nucléiques viraux dans cinq types d’excrétion humaine qui ont été quantifiés en copies du génome viral par unité (masse/volume) d’excrétion.

L’équipe a effectué des recherches exhaustives dans trois bases de données, dont Web of Science, PubMed et Scopus, pour chaque virus respiratoire entre juin 2022 et août 2022. La chaîne de recherche se composait de deux champs, le premier recherchant le nom du virus respiratoire et le second recherchant pour le nom du virus respiratoire ses variations courantes. Le deuxième champ est resté constant et a recherché cinq types d’excrétion.

Les chercheurs ont ensuite téléchargé les dossiers de l’étude dans Covidence, un logiciel Web qui a examiné, dédupliqué et extrait les données pour la méta-analyse. Les ensembles de données des études transversales et longitudinales ont été considérés séparément, et les concentrations d’acide nucléique viral des études transversales ont été tracées séparément des concentrations des études longitudinales. Une moyenne pondérée a également été utilisée pour combiner les taux de positivité virale des études transversales pour chaque type d’excrétion.

Résultats de l’étude

Les données finales de cette revue comprenaient 220 ensembles de données provenant de 50 articles qui répondaient aux critères d’inclusion et des informations documentées sur les concentrations de virus respiratoires dans cinq types d’excréments humains.

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Au total, 195 des 220 ensembles de données ne déterminaient que les taux de positivité des virus respiratoires dans les excréments humains. En revanche, 14 et 11 des 220 études ont quantifié les concentrations d’acides nucléiques viraux ou ont examiné leurs schémas d’excrétion longitudinaux dans les excrétions, respectivement.

Alors que de nombreux ensembles de données évaluaient les virus respiratoires dans les excreta, l’accent est resté principalement sur trois types d’excrétion de mucus, de salive et d’expectoration. La disponibilité des données sur la détection des virus respiratoires dans les matières fécales était plus faible et encore plus rare dans les urines.

En fait, aucune étude n’a examiné la présence de rhinovirus, de coronavirus saisonnier et de virus parainfluenza dans l’urine, tandis qu’une seule étude a examiné à la fois le VRS et le métapneumovirus dans l’urine. Ces résultats indiquent que les matières fécales et l’urine sont les excréments humains les moins examinés, en particulier dans le contexte des virus respiratoires. Ceci est comparable à plusieurs études qui ont détecté la grippe dans des échantillons d’urine de sujets infectés.

La disponibilité des données variait avec chaque virus respiratoire, avec seulement 20 ensembles de données d’excrétion disponibles pour le métapneumovirus et le rhinovirus. En revanche, 75 ensembles de données sur l’excrétion étaient disponibles pour la grippe.

De plus, les taux de positivité pour tous les virus, à l’exception des coronavirus humains, étaient les plus élevés dans le mucus, suivi des expectorations et de la salive. Par conséquent, le taux de positivité du coronavirus humain était le plus élevé dans le mucus.

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Enfin, les chercheurs ont constaté que la comparaison des concentrations virales respiratoires dans cinq types d’excrétion était difficile en raison des méthodes de quantification utilisées dans les études incluses et les unités rapportées.

conclusion

L’examen actuel met en évidence le manque d’études examinant les concentrations de virus respiratoires dans les excréments humains. Puisqu’une grande partie de ces données ont documenté la présence ou l’absence de virus respiratoire dans les excrétions dans une conception d’étude transversale, il reste un besoin de données plus longitudinales, ce qui pourrait aider à estimer le nombre de personnes dans la communauté infectées par le virus. virus et de le jeter dans les égouts.

*Nouvelles importantes: medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et ne doivent donc pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.

Référence magazine :
  • Rapport scientifique préliminaire.
    Lowry, SA, Wolfe, MK et Boehm, AB (2023). Concentrations de virus respiratoires dans les excrétions humaines contribuant aux eaux usées : une revue systématique. medRxiv. doi:10.1101/2023.02.19.23286146.

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