Le séquençage génomique révèle le cours du COVID-19 en Afrique

L’Afrique a pris du retard dans le séquençage du génome au cours des deux premières années de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), causée par le syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Cependant, grâce à un financement accru, plus de 100 000 génomes de ce continent ont été séquencés.

Une nouvelle étude résume les résultats de la surveillance génomique jusqu’à présent, indiquant comment des variantes inquiétantes du virus se sont propagées, tout en indiquant les orientations futures de la préparation à la réponse.

Introduction

L’Afrique semblait être relativement exempte de cas et de décès élevés pendant la pandémie en cours, avec environ 11 millions de cas sur un total mondial de plus de 600 millions et un quart de million de décès sur plus de 6,4 millions de décès dans le monde.

Cependant, à mesure que le virus continuait de changer et de muter, de nouvelles variantes sont apparues qui ont montré, dans certains cas, une transmissibilité et une infectiosité ou une virulence accrues. Des mutations d’échappement immunitaire ont été identifiées dans certaines variantes, ce qui les rend capables de se propager davantage même parmi les populations vaccinées ou précédemment infectées. Celles-ci étaient appelées variantes préoccupantes (VOC) et, jusqu’à présent, il y en avait cinq : Alpha, Beta, Gamma, Delta et Omicron.

Parmi ceux-ci, Beta et Omicron ont été détectés pour la première fois en Afrique, bien que les deux autres aient également causé des cas importants sur ce continent. En réponse à la menace croissante posée par l’émergence de COV, des échantillons provenant de plusieurs sites ont été prélevés pour le séquençage. Cependant, en avril 2020, seuls 20 pays africains disposaient de cette capacité.

Alors que les chaînes d’approvisionnement mondiales se tarissaient, ces efforts se sont interrompus vers la fin de l’année. Après les 10 000 premiers, une analyse a montré certaines zones manquantes, en réponse à quoi plus de fonds ont été investis dans la construction de plus d’infrastructures et la formation du personnel pour la surveillance génomique.

Les Centres africains de contrôle des maladies (CDC Afrique) et le bureau régional de l’OMS en Afrique (ou OMS AFRO) ont partagé la responsabilité de cela, avec l’aide de nombreuses autres personnes et organisations. Le résultat a été que 90 000 flux supplémentaires ont été téléchargés d’avril 2021 à mars 2022.

Pour mettre cela en perspective, moins de 4 000 séquences du virus de l’immunodéficience humaine (VIH) et 12 000 séquences de la grippe ont été téléchargées jusqu’à présent, malgré leur présence en Afrique en nombre alarmant depuis de nombreuses années.

La présente étude, publiée dans les sciencesexplore la contribution du séquençage du génome à la compréhension scientifique du COVID-19 sur ce continent et présente également des mesures mondiales de santé publique grâce à la capacité de détecter de nouvelles variantes suffisamment tôt.

Qu’a montré l’étude ?

Les données montrent plusieurs vagues d’infection, différentes en termes d’échelle et de période d’un pays à l’autre. Cependant, après les deux premières vagues, dominées par les variantes B.1 et Alpha, Delta et Omicron ont balayé l’Afrique en sinistre succession.

Différentes souches prédominaient dans diverses régions d’Afrique, telles que C.36 et C.36.3, qui ont causé 40 % des infections en Égypte, contre la lignée B.1.160 en Tunisie. Dans les deux cas, ceux-ci ont cédé la place à Delta lors de la troisième vague.

En Afrique du Sud, Beta a dominé la deuxième vague au lieu d’Alpha. Fait intéressant, bien que la variante C.1.2 ait montré des signes d’évasion immunitaire, elle n’a pas eu d’impact significatif dans le contexte Delta.

Les autres lignées qui ont concurrencé Alpha comprenaient B.1.525 et A.23.1, qui ont finalement été dépassées par des COV émergents plus tard. Les différences de lignée par région pourraient être dues à la génétique du virus, à la mobilité humaine, à la compétition entre les lignées co-circulantes et aux niveaux d’immunité.

Delta a eu le plus grand impact, causant plus d’un tiers de toutes les infections en Afrique, selon de nombreux analystes. La bêta en a causé environ un sur sept, et l’alpha seulement environ 4 % dans l’ensemble. Omicron, qui continue de se propager, a causé plus d’un cinquième de toutes les infections, à en juger par le séquençage du génome.

Contrairement aux COV précédents, Omicron a pris de l’importance dans un contexte de taux élevés d’infection et de vaccination, avec des niveaux élevés d’immunité associés. Couplé à sa virulence intrinsèque plus faible, Omicron a causé moins de décès que les autres COV, correspondant au taux de mortalité le plus bas en Afrique du Sud au cours de cette vague.

La première partie de la pandémie a été causée par des souches appartenant au clade B.1, ou virus ancestraux, qui ont ensuite été remplacés par le premier groupe de COV à partir de fin 2020 : Alpha, Beta, puis, en 2021, Delta et Omicron . . . Alors qu’Alpha et Beta ont circulé principalement dans différentes régions d’Afrique, Delta et Omicron ont dominé les infections en Afrique peu de temps après leur apparition.

Les données proviennent de la combinaison de données épidémiologiques avec des données de séquençage génomique, ainsi que des informations sur les caractéristiques temporelles et liées à la taille de ces vagues. Cependant, certains pays n’ont testé qu’une personne sur dix millions, tandis que d’autres en ont testé plus de 10 000 sur dix millions, indiquant des taux de test extrêmement hétérogènes.

Fait intéressant, les pays où les taux de dépistage sont élevés ont également signalé des taux de cas plus élevés, mais la sous-déclaration reste une réalité, comme dans le reste du monde. L’augmentation du nombre de déclarations a été largement obtenue grâce à l’utilisation d’une technologie de séquençage relativement peu coûteuse.

Il est urgent d’augmenter la capacité de séquençage, car 16 pays manquent encore d’installations de séquençage locales, tandis que de nombreux autres ont une capacité limitée. Trois centres de séquençage de classe mondiale et plusieurs centres de séquençage régionaux ont été créés pour aider à consolider les ressources dans certains pays afin de maximiser le séquençage à travers le continent. Ces centres ont principalement aidé les pays subsahariens en gérant l’intégralité des efforts de séquençage locaux dans certains pays comme l’Angola et la Namibie, mais ont également coopéré avec les efforts de séquençage locaux pendant les vagues.

D’autres installations en dehors de l’Afrique ont également été mises en service pour accroître la surveillance, en particulier pour les pays d’Afrique de l’Ouest et du Nord.

En fin de compte, une combinaison de stratégies de séquençage locales, de partage collaboratif des ressources entre les pays africains et de séquençage avec des partenaires universitaires en dehors du continent a permis de combler les angles morts de la surveillance..”

Même avec de faibles niveaux de séquençage, un échantillonnage représentatif au fil du temps a permis de maintenir la surveillance génomique et de détecter précocement les variants, notamment Beta et Omicron. De plus, le temps de réponse est progressivement réduit de, disons, ~180 jours à 50 jours d’octobre 2020 à un an plus tard.

Celle-ci est favorisée par l’utilisation de réseaux locaux de séquençage versus des structures régionales ou externes, indiquant la nécessité d’investir dans ces dernières. Les interdictions de voyager qui ont suivi la détection et la déclaration des COV bêta et Omicron montrent comment les pays pourraient hésiter à communiquer de telles données à l’avenir. Si le séquençage ne peut se faire qu’à l’extérieur du pays, cela conduira inévitablement à l’absence de surveillance dans de telles situations.

Ainsi, le renforcement de la capacité de séquençage local aidera. »générer des données opportunes et régulières pour la prise de décision locale et régionale.” Cela permettrait aux variantes émergentes d’être détectées suffisamment tôt pour laisser le temps d’interrompre leur propagation.

Par exemple, Beta a été détecté trois mois après son origine, mais pour Omicron, c’était dans les cinq semaines. De plus, l’Organisation mondiale de la santé a déclaré ce dernier COV dans les 72 heures suivant le dépôt de sa séquence dans la base de données.

Des efforts de séquençage doivent être développés, non seulement pour le SRAS-CoV-2, mais également pour d’autres agents pathogènes nouveaux ou réintroduits, notamment Ebola, la rougeole et la grippe H1N1. Selon l’Africa CDC, plus de 200 épidémies de maladies infectieuses surviennent chaque année sur ce continent.

Au-delà de la pandémie actuelle, la poursuite des investissements dans les capacités de diagnostic et de séquençage de ces agents pathogènes pourrait servir la santé publique du continent jusqu’au XXIe siècle..”