Bhavana Kunkalikar

Quelle est la diversité génomique des infections à SARS-CoV-2 dans les ménages ?

Dans une étude récente publiée dans le medRxiv*serveur de prétirage, les chercheurs ont évalué la diversité génomique du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) dans les ménages.

Étude : La diversité génomique du SRAS-CoV-2 dans les ménages met en évidence les défis de l'inférence de transmission basée sur la séquence.  Crédit d'image : Oqvector/Shutterstock
Étude : La diversité génomique du SRAS-CoV-2 dans les ménages met en évidence les défis de l’inférence de transmission basée sur la séquence. Crédit d’image : Oqvector/Shutterstock

Arrière plan

Les virus à acide ribonucléique (ARN) évoluent souvent et accumulent des mutations avec l’ampleur croissante d’une épidémie. Il en résulte une relation évolutive entre les cas séquencés qui contient des données essentielles sur les mécanismes à l’origine de l’épidémie. De même, les données de séquence sur le SRAS-CoV-2 peuvent être utilisées pour déduire les liens de transmission entre les patients atteints de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) dans les hôpitaux et autres environnements similaires.

À propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont utilisé le séquençage du génome entier (WGS) des populations de SRAS-CoV-2 pour déduire les liens de transmission au sein des ménages qui avaient au moins deux personnes infectées par le SRAS-CoV-2.

L’étude Coronavirus Respiratory Testing and Home Assessment (C-HEaRT) a inclus des ménages de l’Utah et de New York entre août 2020 et février 2021 et les a surveillés pour les infections par le SRAS-CoV-2 de septembre 2020 à août 2021.

De plus, les Communautés organisées pour la prévention des arbovirus (COPA) ont évalué l’épidémiologie du COVID-19, ce qui a conduit à la création de l’étude COCOVID qui a recruté des ménages de Ponce, Porto Rico.

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Les ménages éligibles à l’étude C-HEaRT avaient plus d’un enfant âgé de 0 à 17 ans, tandis que les personnes éligibles résidaient dans le ménage pendant trois mois consécutifs ou plus et étaient disposées à répondre aux enquêtes de l’étude et à signaler les symptômes chaque semaine et à collecter des informations. pour eux-mêmes. prélèvements respiratoires.

Les participants ont été invités à prélever des écouvillons nasaux du cornet moyen chaque semaine, quels que soient les symptômes de la maladie, et à placer les écouvillons dans un milieu de transport viral. L’équipe a contacté les participants par e-mail ou SMS chaque semaine pour leur demander s’ils présentaient des symptômes de type COVID-19 (CLI) ou une autre maladie. De plus, les participants ont été invités à prélever des écouvillons nasaux supplémentaires après l’apparition des symptômes de la CLI. L’étude a défini l’ICM comme un ou plusieurs des symptômes suivants : fièvre, toux, mal de gorge, essoufflement, diarrhée, frissons, douleurs musculaires ou modifications du goût ou de l’odorat. Des échantillons respiratoires ont été envoyés et analysés. Les échantillons COVID-19 positifs du ménage échantillon qui ont été détectés dans les 14 jours les uns des autres ont été considérés comme épidémiologiquement liés.

Le séquençage génomique du SRAS-CoV-2 a été effectué sur tous les échantillons avec un seuil de cycle de transcription inverse-réaction en chaîne par polymérase (RT-PCR) de 30 ou moins sur les cibles protéiques 1 ou 2 de la nucléocapside du SRAS-CoV-2. L’ARN a été extrait des échantillons d’écouvillon collectés et transcrit en sens inverse avant d’effectuer l’amplification de l’acide désoxyribonucléique complémentaire (ADNc) du SARS-CoV-2.

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Résultats

Les études C-HEaRT et COCOVID ont activement surveillé les participants pour les infections à COVID-19 et les symptômes de CLI dans 706 ménages abritant 2 369 participants. Au cours de la période d’étude, l’incidence cumulée de COVID-19 était de 11 % dans l’Utah, de 7 % à New York et de 5 % à Porto Rico.

Parmi les 706 ménages, 56 comprenaient deux participants ou moins qui ont été testés positifs pour COVID-19 sur une période de 14 jours, indiquant une transmission intra-ménage. De plus, 26 des ménages ont présenté des données séquentielles de haute qualité dans au moins deux des cas contemporains. Notamment, les clades et les lignées SARS-CoV-2 détectées étaient les mêmes parmi les personnes résidant dans le même ménage et reflétaient les virus prédominants aux États-Unis au cours des périodes correspondantes.

Près de 15 des 26 ménages étudiés avaient des séquences consensus indiscernables regroupées dans leurs arbres phylogénétiques correspondants. Étant donné que ces cas étaient épidémiologiquement liés, ils pouvaient être considérés comme des événements de transmission de séquence confirmée. L’équipe a également trouvé plusieurs structures arborescentes avec des grappes monophylétiques avec des séquences indiscernables et contemporaines dérivées de membres non domestiques de la même localité. Deux des ménages de New York présentaient plusieurs séquences de ce type lorsque la variante SARS-CoV-2 B.1.526 (Iota) était répandue aux États-Unis. Cela indiquait que même des niveaux d’échantillonnage modestes montraient des séquences virales impossibles à distinguer des individus infectés résidant dans la même zone. avec une absence présumée de tout lien épidémiologique.

Onze ménages ont montré des séquences virales consensuelles d’un ou plusieurs membres du ménage qui ne différaient qu’à une ou deux positions. De plus, les arbres correspondant à tous les cas dans ces ménages avaient des relations d’ascendance/descendance et/ou des liens avec les séquences virales.

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Certaines des lignées domestiques étaient également phylogénétiquement différentes des séquences locales contemporaines. Ces arborescences indiquaient des liaisons de transmission ; cependant, le faible nombre d’échantillons de cas soulève des questions concernant les chaînons manquants entre les membres du ménage et la communauté au sens large.

conclusion

Les résultats de l’étude ont mis en évidence que l’intégration des données épidémiologiques et séquentielles du SRAS-CoV-2 pourrait s’avérer être un outil puissant pour étudier la transmission du COVID-19. Les chercheurs pensent que les futures études sur la transmission virale dans les hôpitaux, les maisons et les lieux de rassemblement similaires pourraient utiliser des méthodes bayésiennes qui intègrent des informations épidémiologiques et de séquence pour améliorer l’inférence.

*Nouvelles importantes

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et ne doivent donc pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou être traités comme des informations établies.

Référence de la revue :
  • Emily Bendall, Gabriela Paz-Bailey, Gilberto A. Santiago, et al. (2022). La diversité génomique du SRAS-CoV-2 dans les ménages met en évidence les défis de l’inférence de transmission basée sur la séquence. medRxiv. fais:

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