Bhavana Kunkalikar

La distribution et la prévalence du SRAS-CoV-2 sur le marché des fruits de mer de Huanan

Dans une étude récente publiée dans le Nature Journal, les chercheurs ont examiné le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) au Huanan Seafood Market (HSM).

Étude : Surveillance du SRAS-CoV-2 sur le marché des fruits de mer de Huanan.  Crédit d'image : VladimirKrupenkin / Shutterstock.com

Étude: Surveillance du SRAS-CoV-2 sur le marché des fruits de mer de Huanan. Crédit d’image : VladimirKrupenkin / Shutterstock.com

Arrière-plan

Des cas de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) ont été signalés pour la première fois à Wuhan, en Chine, en décembre 2019 en tant que pneumonie d’étiologie inconnue (PUE).

Les premiers cas étaient principalement associés au HSM de Wuhan, qui vendait une variété de viandes animales, d’animaux vivants et de fruits de mer exotiques.

Le MSM est soupçonné d’être à l’origine de l’épidémie de COVID-19. Certains scientifiques suggèrent que les chauves-souris de pays asiatiques tels que la Chine, le Japon, le Laos, la Thaïlande et le Cambodge pourraient être la source originale du SRAS-CoV-2 en raison de leur étroite similitude avec certains coronavirus trouvés chez ces chauves-souris. On ignore actuellement si un autre animal a joué un rôle dans la transmission du virus des chauves-souris à l’homme.

À propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont évalué les découvertes de la surveillance SARS-CoV-2 sur le marché de HSM, Wuhan.

Le HSM est situé au centre-ville de Wuhan, dans le district de Jianghan. Le marché couvre une superficie de plus de 50 000 mètres carrés et compte 678 étals situés à proximité dans un environnement très encombré.

Le marché est divisé en deux zones : les zones Ouest et Est. La zone ouest est l’endroit où les fruits de mer et les animaux sont principalement vendus, tandis que la zone est est celle où la viande bovine est vendue.

Dix étals vendant de la faune domestiquée ont été observés parmi les 678 étals situés sur le marché. Ces postes étaient situés du côté sud-ouest de la zone ouest et dans la région nord-ouest de la zone est.

Fin décembre 2019, 10 animaleries vendaient des animaux ou des produits d’origine animale. Les animaux commercialisés comprenaient des espèces d’oiseaux, des serpents, des blaireaux, des cerfs Sika, des rats de bambou, des lapins, des hérissons, des porcs-épics, des salamandres géantes, des crocodiles siamois et des crocodiles bai.

Des serpents, des crocodiles et des salamandres vivants figuraient parmi les animaux commercialisés. Entre le 1er janvier 2020 et le 2 mars 2020, une collection complète de 923 échantillons environnementaux provenant de diverses régions sur et autour du marché HSM, et 457 échantillons d’animaux, tels que des animaux morts dans des congélateurs et des réfrigérateurs, des animaux errants et leurs excréments. rassemblé. Des échantillons ont été prélevés sur certains animaux errants jusqu’au 30 mars.

L’examen de la voie de drainage de surface trouvée dans le HSM a révélé que les eaux usées du drainage de surface s’écoulaient dans le drainage souterrain du marché et éventuellement dans des puits situés au bord du marché.

Les excréments humains des voies respiratoires supérieures et les déchets animaux se combineraient dans le drainage de surface. L’étude visait à tester le virus vivant dans le HSM en inoculant 27 échantillons environnementaux positifs au SRAS-CoV-2 obtenus le 1er janvier 2020 dans des lignées cellulaires telles que les cellules Vero E6 et Huh7.5.

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Résultats

923 échantillons environnementaux ont été collectés dans et autour du HSM, et 73 ont été testés positifs pour le SRAS-CoV-2 en utilisant des réactions en chaîne par polymérase en temps réel (RT-PCR). Cela s’est traduit par un taux de positivité de 7,9%. Les valeurs de seuil de cycle RT-PCR (CT) variaient de 23,9 à 41,7. Sur 828 échantillons HSM, 64 étaient positifs.

La plupart des échantillons positifs pour le SRAS-CoV-2 collectés dans le HSM ont été trouvés dans la zone Ouest, plus précisément dans les rues numéro un à huit, où 71,4 % des échantillons positifs ont été détectés. Cinq des 14 échantillons provenant d’entrepôts liés à HSM se sont révélés positifs. Cela pourrait indiquer la présence du SRAS-CoV-2 sur le marché au début de l’épidémie de COVID-19.

Trois des 51 échantillons de trous d’homme provenant des régions environnantes à l’extérieur du HSM se sont révélés positifs. Le 22 janvier 2020, 30 échantillons environnementaux ont été prélevés sur le marché de Dongxihu à Wuhan. Parmi eux, un écouvillon de surface de sol nommé Env_0601 a été testé positif.

Près de 24 des 110 échantillons obtenus dans les égouts du marché ou les puits d’égout ont été testés positifs pour l’acide nucléique du SRAS-CoV-2. Les quatre puits d’égout du marché ont également été testés positifs. Les données ont indiqué que le virus aurait pu être transmis sur le marché par des eaux usées contaminées provenant de personnes ou d’animaux infectés.

Après trois jours d’inoculation, l’échantillon Env_0313 a induit des effets cytopathiques (CPE) dans les cellules Vero E6. Le CPE a été observé dans les cellules Huh7.5 cinq jours après l’inoculation. Des particules virales ont été observées à la fois dans le surnageant et dans les cellules Vero E6 cinq jours après l’inoculation. La morphologie du coronavirus a été observée dans des particules virales colorées négativement et des coupes ultrafines de cellules cultivées.

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Les échantillons Env_0354 et Env_0313 ont été obtenus à partir de postes hébergeant des patients positifs au COVID-19. Le SRAS-CoV-2 vivant composé de titres élevés a été trouvé dans l’environnement HSM par isolement réussi du virus à partir d’échantillons parents qui avaient de faibles valeurs de CT.

conclusion

Les découvertes d’étude ont prouvé que l’acide nucléique SARS-CoV-2 et le virus vivant ont été trouvés dans les échantillons environnementaux obtenus de la zone occidentale de HSM.

Les chercheurs pensent que la forte proportion de visiteurs du marché peut avoir amplifié la transmission du virus, conduisant à divers groupes d’infection au COVID-19 dans les premiers stades de l’épidémie de SRAS-CoV-2.

Référence magazine :
  • Liu, W. et al. (2023) « Surveillance du SRAS-CoV-2 sur le marché des fruits de mer de Huanan », Nature. faire: 10.1038/s41586-023-06043-2.

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