Utilisation du séquençage de l’exome entier et du dépistage des porteurs de malformations congénitales

perspectives de l’industrieRenyi HuaSpécialiste en médecine foeto-maternelle et diagnostic prénatalHôpital international de la paix maternelle et infantile

Dans cette interview, NewsMedical s’entretient avec Renyi Hua, spécialiste de la médecine materno-fœtale et du diagnostic prénatal à l’International Peace Maternity and Children’s Hospital, Shanghai, Chine, de son expérience du séquençage de l’exome complet et du dépistage des porteurs.

Quel type de patients sont traités à l’International Peace Maternal and Child Hospital et quels services sont offerts ?

Bien que nous soyons un service prénatal, nous avons également des patients adultes et jouons un rôle dans le diagnostic prénatal. Lorsque des patients atteints de dysplasie ou de dysmorphie non diagnostiquée ou incertaine se présentent à nous, nous proposons d’abord un caryotypage avec ou sans analyse de puces chromosomiques. Si aucune anomalie n’est détectée, un séquençage de l’exome entier ou d’autres tests vous seront proposés en fonction de votre phénotype.

Crédit image : ShutterStock/Africa Studio

L’équipe de procréation assistée réfère un grand nombre de patientes car nos résultats les aideront dans leurs projets de conception.

Pour certains cas prénataux, les femmes enceintes qui répondent à nos directives se voient proposer un diagnostic prénatal invasif. Ces critères comprennent l’âge maternel avancé, les antécédents familiaux de maladies héréditaires, les antécédents de maternité anormaux, les parents porteurs d’anomalies chromosomiques, le risque élevé, les anomalies structurelles détectées à l’échographie, les résultats anormaux des tests de dépistage prénatal ou d’autres conditions justifiant que le patient ait besoin de tests invasifs.

Pouvez-vous décrire le processus pour déterminer quels types de tests doivent être effectués pour les patients ?

Tout d’abord, nous proposons une analyse du pli nucal vers 11 à 13 semaines, plus six jours. Si les résultats sont normaux et que la femme ne répond pas aux critères des procédures invasives, un test NIPT ou Down sera proposé. S’il y a un épaississement du pli nucal ou si la mère répond aux critères, un prélèvement de villosités choriales (CVS) ou un rendez-vous d’amniocentèse sera programmé.

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La prochaine échographie sera effectuée à 22 à 24 semaines, ce qui est une échographie anormale. En cas de malformation importante ou d’anomalie multisystémique, une amniocentèse pour caryotypage ainsi qu’une analyse des microréseaux chromosomiques (AMC) seront proposées.

Si les résultats sont normaux, un séquençage trio-whole de l’exome (Trio-WES) sera proposé. Il existe des cas particuliers où l’anomalie apparaît tardivement à l’échographie. Après 26 semaines, nous discuterons avec les parents de l’opportunité de faire fonctionner CMA et Trio-WES en même temps pour des raisons éthiques.

Quand avez-vous commencé à utiliser le séquençage de l’exome entier (WES) et quels étaient les critères ?

Nous avons lancé notre WES en 2019. En 2020, nous avions plus de 600 échantillons au total ; parmi eux, près de la moitié étaient des singletons et plus de 100 étaient des Trio-WES. En 2021, nous avions plus de 1 000 échantillons, une énorme augmentation. Parmi eux, environ 200 étaient des singletons et près de 300 étaient des Trio-WES. Nous avons changé nos protocoles cette année-là pour inclure les pères dans les cas prénataux, donc il y a beaucoup de Trio-WES.

Cette année, jusqu’en septembre, nous avons eu plus de 700 échantillons : moins de 100 étaient des singletons et plus de 200 étaient des Trio-WES. Au total, les résultats positifs étaient inférieurs à 20 %. Nos critères cette année pour Trio-WES étaient un épaississement du pli nucal ou un hydrocystome, une malformation cardiovasculaire et de multiples anomalies.

Comment votre établissement applique-t-il les tests de détection des porteurs ?

Nous avons utilisé un panel qui comprend 155 maladies génétiques héréditaires qui couvrent différents domaines et systèmes. Nous suivons ensuite le protocole que nous utilisons en clinique : Pour les femmes qui ne sont pas enceintes ou qui sont enceintes de moins de 14 semaines, nous suggérons qu’elles se testent d’abord.

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Nous avons tendance à ne tester le partenaire que si le résultat de la mère est positif. Si la femme a plus de 14 semaines, nous suggérons que les deux parents soient testés pour gagner du temps pour un éventuel diagnostic prénatal.

Pouvez-vous partager certains des cas de cette année et comment ces services ont aidé à éclairer les décisions en matière de santé ?

Nous avons eu près de 3 000 cas cette année. Près de la moitié des candidats présentaient au moins une mutation pathogène ou probablement pathogène. Plusieurs couples avaient des mutations dans le même gène. Plusieurs d’entre eux ont choisi d’avoir une conception naturelle et un diagnostic prénatal ultérieur. D’autres ont choisi d’effectuer des tests génétiques préimplantatoires (PGT).

Un cas concernait une femme de 32 ans qui avait subi un dépistage des porteurs pour une grossesse de 12 semaines. Les résultats ont montré que la femme était porteuse d’une mutation des gènes SMN1 et EDA, alors que le test du partenaire était négatif. Nous lui avons proposé une amniocentèse pour les anomalies chromosomiques et le gène EDA.

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Le résultat était un enfant homozygote, donc pour votre prochaine grossesse, nous vous suggérons de faire un PGT ou une conception naturelle et un diagnostic prénatal.

Un autre cas concernait une femme de 28 ans, enceinte de 13 semaines et une ressortissante coréenne. Les résultats de son test de dépistage des porteurs ont montré une mutation du gène MMAB et une mutation du gène ATP7B, responsable de la maladie de Wilson. Son partenaire était également un ressortissant coréen et portait la mutation du gène ATP7B.

Nous lui avons proposé une amniocentèse pour anomalies chromosomiques et un test du gène ATP7B. Heureusement, le fœtus n’a hérité de la mutation que de sa mère, et le fœtus était hétérozygote, donc la mère progresse dans sa grossesse.

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Le troisième cas concernait une femme de 35 ans ayant des antécédents de maternité anormale. Il a été interrompu en 2015 en raison d’une malformation fœtale. Elle n’a fait aucun contrôle ou arrangement génétique et n’a conservé aucun échantillon de ce bébé. Treize semaines après le début de sa grossesse suivante, l’échographie de la femme a montré des membres précis et un pli nucal anormal. Nous lui avons offert un CMA et un Trio-WES.

Les deux parents portent la mutation du gène ROR2, qui cause le syndrome de Robinow, et toutes les correspondances de phénotype que nous avons vues sur l’échographie de ce bébé. La femme a également décidé d’interrompre cette grossesse. Nous vous suggérons une nouvelle analyse des données avant votre prochaine grossesse.

À propos de BGI Genomics

BGI Genomics est le premier fournisseur mondial de solutions intégrées de médecine de précision, au service de clients dans plus de 100 pays.

Ils fournissent aux établissements universitaires, aux sociétés pharmaceutiques, aux prestataires de soins de santé et à d’autres organisations un séquençage génomique intégré, des services protéomiques, des essais cliniques et des solutions dans un large éventail d’applications.

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