Durée de l’infectiosité, prédicteurs de l’infectiosité individuelle en cours et tests de diagnostic pour l’infection aiguë par le SRAS-CoV-2

Dans une étude récente publiée dans le medRxiv*serveur de préimpression, les chercheurs ont exploré les variantes de la cinétique préoccupante/d’intérêt (VOC/VOI) et les variations du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) chez les patients externes atteints de la maladie à coronavirus aiguë 2019 (COVID-19) .

Arrière plan

Les recommandations de prévention du COVID-19 sont basées sur des données limitées sur la durée de la transmissibilité du SRAS-CoV-2 et sa corrélation avec la symptomatologie et les tests de diagnostic du COVID-19. Des techniques de diagnostic efficaces sont essentielles pour la détection virale, la réduction de la transmission du SRAS-CoV-2 et l’information des fabricants de polymères pour améliorer la santé publique mondiale.

À propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont évalué la durée de la transmissibilité du SRAS-CoV-2, la corrélation avec les symptômes de l’infection par le SRAS-CoV-2 et les tests de dépistage du SRAS-CoV-2 chez les patients COVID-19 non hospitalisés. .

Des patients externes adultes atteints d’infections aiguës par le SRAS-CoV-2 qui n’ont pas nécessité d’hospitalisation ont été inscrits à l’étude et des mesures en série des symptômes du COVID-19 ont été effectuées. Le diagnostic de COVID-19 a été confirmé par une analyse par réaction en chaîne par polymérase de transcription inverse (RT-PCR) d’échantillons d’écouvillonnage nasopharyngé (NP) dans la semaine suivant l’inscription. Les participants ont été invités à remplir des questionnaires complets pour obtenir des données sur l’apparition et la durée des symptômes de la COVID-9.

Des évaluations de suivi ont été effectuées à cinq moments différents, et à chaque visite de suivi, des écouvillons nasaux antérieurs (AN), des écouvillons NP et des échantillons de sérum ont été obtenus des participants. Les écouvillons NP ont été soumis à une analyse RT-PCR pour déterminer la charge virale. La durée médiane entre l’apparition des symptômes et le rapport initial de test négatif pour le SRAS-CoV-2 a été déterminée, et les risques de transmissibilité ont été estimés sur la base de cultures virales positives.

Seules les personnes sans antécédents de COVID-19 et celles qui n’ont pas reçu de vaccins COVID-19 ont été incluses dans l’analyse. L’équipe a exclu les personnes en âge de procréer, qui avaient des conditions médicales immunosuppressives [e.g., human immunodeficiency virus (HIV) acquired immunodeficiency syndrome (AIDS), diabetes mellitus type 1, rheumatoid arthritis, multiple sclerosis, and lupus), or were on immunomodulators or glucocorticoid medications, or participated in interventional SARS-CoV-2 infection clinical trials.

Swabs from the anterior nasal (AN) regions were analyzed for the presence of SARS-CoV-2 ribonucleic acid (RNA), spike (S), and nucleocapsid (N) proteins using electrochemiluminescence immunoassays. Serum samples obtained from the participants were assessed for total [immunoglobulin M (IgM), IgA, IgG] titres anti-SARS-CoV-2 S et titres anti-SARS-CoV-2 S IgG par immunoessais chimiluminescents. Des expériences de culture cellulaire ont été réalisées avec des cellules Vero E6 exprimant la sérine protéase transmembranaire 2 et l’enzyme de conversion de l’angiotensine humaine 2 (hACE2) pour l’évaluation de la croissance du SARS-CoV-2.

Les cellules inoculées par le SRAS-CoV-2 ont été examinées au microscope pour la mort cellulaire et/ou la formation de syncytium pendant 10 jours. Les isolats de culture ont été soumis à une analyse de séquençage du génome entier (WGS) en utilisant la souche SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 comme référence. Des estimations du risque relatif (RR) pour la positivité de la culture ont été obtenues, en ajustant les données pour le sexe, l’âge, la variante et les comorbidités.

Résultats

Au total, 95 adultes ont été analysés, parmi lesquels les valeurs médianes de la durée entre les symptômes et le premier rapport de test négatif pour le SRAS-CoV-2 étaient de neuf jours, 13 jours, 11 jours et >19 jours pour S, N , croissance de culture et ARN SARS-CoV-2, respectivement. L’étude était principalement composée d’individus jeunes (âge médian 29 ans), et 43 % d’entre eux étaient des femmes. Au-delà de 15 jours, les cultures et les titres SARS-CoV-2 N étaient rarement positifs, tandis que l’ARN du SARS-CoV-2 par RT-PCR restait au-dessus des niveaux détectables entre 26 (sur 51) participants évalués après 21 jours à 30 jours de COVID-19 début des symptômes.

Six à 10 jours après l’apparition des symptômes, le SARS-CoV-2 N a montré une forte association avec les cultures (RR 7,6). Quatorze jours après l’apparition des symptômes, la présence de SARS-CoV-2 N (RR ajusté 7,7) était toujours fortement associée à des cultures positives pour le SARS-CoV-2, quels que soient les symptômes. Neuf, 22 et un patient ont été infectés par Alpha VOC, Epsilon VOI et Gamma VOC, respectivement, tandis que 28 patients ont été infectés par un virus non-VOC/VOI. La présence de SARS-CoV-2 N était fortement associée à un risque accru de transmissibilité (aRR = 7,7).

La plupart des échantillons (80 %) étaient positifs pour le SRAS-CoV-2 par RT-PCR, culture et tests de positivité N pour le SRAS-CoV-2 dans les cinq premiers jours suivant l’apparition des symptômes. Entre six et 10 jours après l’apparition des symptômes, 96 % des échantillons étaient positifs à la RT-PCR, 79 % des patients étaient positifs pour N et 41 % des échantillons étaient positifs à la culture. Entre 11 et 15 jours après le début des symptômes, 85 % (n = 82) étaient positifs à la RT-PCR et négatifs à la culture, dont 39 % étaient positifs à l’antigène. Parmi tous les participants, les symptômes tels que la fièvre, les symptômes pulmonaires et la perte de l’odorat/du goût n’étaient pas significativement associés à la transmissibilité du SRAS-CoV-2 au cours des deux premières semaines suivant l’apparition des symptômes de la COVID-19.

conclusion

Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont montré que la majorité des patients COVID-19 non hospitalisés avaient le SARS-CoV-2 compétent pour la réplication, indiquant une transmissibilité virale pendant 10 à 14 jours après l’apparition des symptômes, que les tests SARS-CoV-2 N pourraient estimer efficacement . Par conséquent, le test SARS-CoV-2 N 14 jours après l’apparition des symptômes doit être utilisé pour interrompre l’isolement en toute sécurité.

*Nouvelles importantes

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et ne doivent donc pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique ou les comportements liés à la santé, ou être traités comme des informations établies.