*Nouvelles importantes: medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et ne doivent donc pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
Dans une étude récente publiée dans le medRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs étudient l’effet de la colonisation des voies respiratoires supérieures (URT) par pneumonie à stétocoque sur l’infection par le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2) et vice versa chez les enfants et les adultes non âgés à domicile.
Ici, les chercheurs ont mené une étude observationnelle prospective longitudinale dans des ménages aux Pays-Bas où un membre a été testé positif pour la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) via un test de transcription inverse par réaction en chaîne par polymérase (RT-PCR) trois jours avant l’inscription à l’étude. . Deux autres membres du ménage ont également accepté de participer à l’étude.
Étude: Dynamique longitudinale du portage de Streptococcus pneumoniae et de l’infection par le SRAS-CoV-2 dans les ménages avec enfants. Crédit d’image : Lotus_studio/Shutterstock.com
Arrière-plan
Livre électronique sur les omiques
Au cours des premières années de la pandémie de COVID-19, l’incidence des maladies invasives à pneumocoque (MPI) dues à pneumonie à stétocoque sensiblement diminué dans plusieurs pays. Les scientifiques pensent que la mise en œuvre à grande échelle d’interventions non pharmaceutiques (NPI) a limité la transmission du pneumocoque et l’incidence des IIP pendant la pandémie.
Cependant, certaines autres études ont montré que ces déclins étaient dus à une circulation réduite des virus respiratoires saisonniers, plutôt qu’à une réduction de la transmission des pneumocoques.
Cependant, les interactions entre certains virus respiratoires et pneumonie à stétocoque Ils semblent synergiques. Alors que l’inflammation induite par pneumonie à stétocoque dans l’URT elle facilite les infections virales respiratoires, cette réaction inhibe la réponse immunitaire innée et empêche le microbiote de l’URT de faciliter la colonisation pneumococcique, augmentant ainsi le risque de pneumonie secondaire à pneumocoque.
Il existe peu d’études évaluant les co-infections par le SRAS-CoV-2 et le pneumocoque ou les interactions virales-bactériennes. De plus, les effets longitudinaux d’une éventuelle diaphonie entre ces deux agents pathogènes au sein des ménages avec enfants et adultes non âgés de moins de 65 ans restent également largement inconnus.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont utilisé des méthodes moléculaires quantitatives pour détecter pneumonie à stétocoque et le SRAS-CoV-2 dans des échantillons de salive auto-collectés auprès des membres de huit ménages participants entre octobre 2020 et janvier 2021. Cela a permis la caractérisation des schémas longitudinaux de l’infection par le SRAS-CoV-2 et du portage pneumococcique.
La population étudiée était composée de 197 adultes de moins de 65 ans, ainsi que de 118 enfants. Parmi eux, 176 adultes et 98 enfants ont fourni dix échantillons de salive auto-prélevés dans les 42 jours suivant leur inscription à cette étude.
Les abondances relatives de pneumocoques ont été calculées en divisant les abondances de pneumocoques par les abondances bactériennes globales (16S), qui ont été comparées à l’aide d’un test de permutation équivalent au test U de Mann-Whitney.
Ensuite, l’équipe a utilisé des modèles linéaires à effets mixtes pour examiner la corrélation entre l’infection par le SRAS-CoV-2, le statut de porteur du pneumocoque et l’abondance bactérienne (16S), où les individus au point unique ont été classés avec une abondance faible ou élevée de 16S. . Une interception aléatoire représentait la variance longitudinale intra et interindividuelle.
Des modèles de risques proportionnels de Cox dépendant du temps ont été utilisés pour évaluer la relation entre le SRAS-CoV-2 et le portage du pneumocoque, l’abondance et l’abondance bactérienne globale transformée en journal (16S). Pour les rapports de risque (HR) stratifiés par âge, deux groupes d’âge ont été pris en compte, y compris les enfants de moins de 18 ans et les adultes de plus de 18 ans.
Résultats de l’étude
Tarifs de transport élevés pneumonie à stétocoque il est resté relativement constant dans les ménages néerlandais tout au long de la période d’étude. Cela était probablement dû à la mise en place nationale des NPI qui ont réduit la circulation des virus respiratoires saisonniers.
Bien que les porteurs de pneumocoques semblaient présenter un risque accru d’infection par le SRAS-CoV-2 et une clairance virale retardée, les preuves n’étaient pas suffisantes pour montrer un fort impact du SRAS-CoV-2 sur le portage et l’abondance des pneumocoques et vice versa.
Les personnes avec un nombre plus élevé de porteurs de pneumocoques et des abondances de 16S avaient également des charges virales de SRAS-CoV-2 plus élevées à plusieurs moments, ce qui suggère son influence sur la progression du COVID-19. Cependant, les variations des trajectoires longitudinales de la charge virale entre ces échantillons étaient négligeables, probablement en raison de la dysbiose induite par le COVID-19 du microbiome URT.
Une étude précédente a également décrit des profils distincts de composition du microbiome URT chez les patients hospitalisés atteints de COVID-19 par rapport aux individus en bonne santé. En ce qui concerne les abondances relatives de pneumocoques, aucune différence significative n’a été observée entre les individus infectés et non infectés par le SRAS-CoV-2, et aucun changement marqué dans la composition des sérotypes de tous les échantillons n’a été observé pendant la durée de l’étude.
Plusieurs études ont documenté que les taux de portage du pneumocoque chez les enfants n’ont pas été affectés pendant la pandémie de COVID-19. Les RR cumulatifs tout au long de cette étude étaient plus élevés pour les enfants que pour les adultes à 2,14 et 0,83, respectivement. Ceci propose que le rapport entre l’abondance pneumococcal et l’infection SARS-CoV-2 ait été associé aux enfants.
conclusion
Pris ensemble, les observations de l’étude suggèrent que l’infection par le SRAS-CoV-2 ne semble pas influencer la colonisation par le pneumocoque, ce qui est cohérent avec les études précédentes montrant que les co-infections par le SRAS-CoV-2 et le pneumocoque sont rares.
Cependant, les porteurs de pneumocoque, en particulier les enfants, étaient plus à risque de contracter le COVID-19. En outre, les résultats de l’étude ont suggéré une corrélation entre les abondances élevées de pneumocoques et de 16S et les charges virales amplifiées, en plus de la clairance retardée de l’infection par le SRAS-CoV-2.
*Nouvelles importantes: medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et ne doivent donc pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
- Rapport scientifique préliminaire.
Miellet, W.R., Dirk, R., Eggink, D., et coll. (2023). Dynamique longitudinale du portage de Streptococcus pneumoniae et de l’infection par le SRAS-CoV-2 dans les ménages avec enfants. medRxiv. doi:10.1101/2023.02.20.23286191.