Pooja Toshniwal Paharia

Au Danemark, les réinfections d’Omicron révèlent une immunité post-COVID-19 inefficace

Dans une étude récente publiée dans le medRxiv*serveur de prétirage, les chercheurs ont enquêté sur les cas de réinfection du variant SARS-CoV-2 au Danemark.

L’évolution du SARS-CoV-2 a conduit à l’apparition de multiples variantes préoccupantes (COV) avec une plus grande transmissibilité et immunoévasivité, comme Omicron, qui a provoqué une augmentation des réinfections par le SARS-CoV-2 et des difficultés à atténuer les infections. le COVID-19. globalement. Des études ont étudié les fréquences de réinfection du SARS-CoV-2, mais se sont limitées aux données d’analyse de la réaction en chaîne du polymère de la transcriptase inverse (RT-PCR), dans lesquelles les lignées Pango du SRAS ne sont pas spécifiées.-CoV-2. En outre, un rapport de séquençage génomique est généralement classé comme infection initiale ou réinfection, mais les données de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour une infection initiale et une réinfection sont rarement rapportées ensemble pour un individu.

Étude : L'augmentation des cas de réinfection par Omicron SARS-CoV-2 révèle une immunité post-COVID-19 inefficace au Danemark et traduit la nécessité d'un séquençage continu de nouvelle génération.  Crédit d'image : Noiel/ShutterstockÉtude : L’augmentation des cas de réinfection par Omicron SARS-CoV-2 révèle une immunité post-COVID-19 inefficace au Danemark et traduit la nécessité d’un séquençage continu de nouvelle génération. Crédit d’image : Noiel/Shutterstock

À propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont caractérisé les réinfections par le SRAS-CoV-2 par variant sur la base de l’intégration de l’analyse RT-PCR et de l’analyse du séquençage du génome suivant (NGS) des séquences obtenues à partir d’individus danois positifs pour le SRAS-CoV-2 et le GISAID ( Base de données de l’Initiative mondiale sur l’échange de données sur la grippe aviaire).

Les données NGS et les métadonnées cliniques des infections et réinfections primaires par le SRAS-CoV-2 d’un même individu résidant au Danemark ont ​​été analysées. Au total, 21 708 entrées de réinfection étaient disponibles entre le 1er mars 2020 et le 28 août 2022, avec des données sur les dates de prélèvement des échantillons sur les infections et réinfections primaires par le SRAS-CoV-2.

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L’équipe a documenté les métadonnées cliniques du SRAS-CoV-2 telles que les points temporels des infections initiales et ultérieures du SRAS-CoV-2 pour mesurer la durée entre les infections initiales et ultérieures du SRAS-CoV-2. De plus, les résultats d’analyse RT-PCR et les résultats d’analyse NGS étaient disponibles pour les infections primaires et les réinfections, respectivement.

L’équipe a exclu 70 entrées de cas (

Les cas de réinfection ont été stratifiés par variant et sous-variant. La base de données GISAID a été consultée pour deux fichiers : un ensemble de fichiers comprenant les métadonnées actuelles pour plus de 12 millions de séquences de SARS-CoV-2 et le deuxième ensemble comprenant des fichiers de métadonnées divulgués des seuls résidents du Danemark avec deux infections associées au SARS-CoV-2 documentées .

Résultats

L’infection primaire et la réinfection par Omicron (c’est-à-dire les infections Omicron-Omicron) ont été signalées sur une période plus courte (même dans les trois semaines, une moyenne de 22 semaines) que les infections non Omicron-Omicron. Des réinfections par Omicron dans les dix semaines suivant l’infection initiale par Omicron ont été signalées principalement en raison de BA.1 suivi de BA.2.

La fréquence de réinfection était significativement plus élevée avec Omicron (25 %, N = 1875) après des infections primaires avec n’importe quel COV. Aucun cas de réinfection induite par Alpha VOC n’a été signalé, tandis que Delta VOC a provoqué des réinfections dans 2,3 % (n = 169) des cas. Les estimations pré-Omicron de l’immunité naturelle induite par les infections étaient supérieures à 90%, qui sont tombées à moins de 10% en trois à quatre mois.

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Parmi les personnes atteintes d’infections primaires induites par Delta, les réinfections dues à la variante Delta <1 % (n = 18), mais les réinfections par Omicron étaient de 41 % (n = 3060 cas). De plus, les réinfections avec le même COV mais des sous-variantes différentes n'étaient que de 0,3 % (n = 24), sauf pour Omicron (4,6 %, n = 340). 93% des personnes réinfectées en mars 2020 avaient des réinfections par Omicron, ce qui indique que l'infection initiale par le SRAS-CoV-2 avec la souche Wuhan-Hu-1, Alpha VOC ou Delta VOC n'a pas conféré une protection adéquate contre les réinfections, en particulier pour les réinfections par Omicron .

Des réinfections par Omicron ont été signalées dans 62 % (n = 211), 20 % (n = 68) et 30 % (n = 102) des cas dans lesquels les infections primaires au SRAS-CoV-2 ont été causées par Omicron BA.1, BA .2 et BA.5, respectivement, les personnes atteintes d’infections primaires BA.2 ont démontré une fréquence élevée de réinfection (38 %, n = 129) avec la sous-variante Omicron BA.5 (26 %, n = 89). Les résultats ont indiqué que bien que la protéine de pointe (S) du SRAS-CoV-2 des trois sous-variantes d’Omicron soit similaire, les différences dans les sous-variantes d’Omicron étaient adéquates pour empêcher l’apparition de nAb induits par l’infection (anticorps neutralisants) par Omicron BA.1 /2 sont associés à Omicron BA.5 S.

conclusion

Les résultats de l’étude ont montré que la majorité des cas de réinfection par le SRAS-CoV-2 étaient dus à Omicron. Les réinfections par Omicron parmi les personnes atteintes d’une infection primaire par Omicron se sont produites sur une courte période de moins de trois semaines. Les résultats ont indiqué que les infections primaires avec des COV non-Omicron étaient inadéquates pour fournir une protection immunologique pour prévenir les réinfections avec Omicron.

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En outre, les résultats mettent en évidence la transmissibilité et l’évasion immunitaire d’Omicron et la nécessité de vaccins SARS-CoV-2 mis à jour, d’une surveillance continue du SARS-CoV-2 et d’évaluations évolutives du SARS-CoV-2 pour guider la formulation de politiques visant à améliorer la santé publique. à travers le monde. En outre, l’analyse souligne la nécessité d’analyser les données NGS au niveau individuel pour fournir des estimations précises des risques de réinfection par le SRAS-CoV-2.

*Nouvelles importantes

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et ne doivent donc pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou être traités comme des informations établies.

Référence du magazine :
  • L’augmentation des cas de réinfection par Omicron SARS-CoV-2 révèle une immunité post-COVID-19 inefficace au Danemark et traduit la nécessité de poursuivre le séquençage de nouvelle génération. Scott Burkholz, Michael Rubsamen, Luke Blankenberg, Richard T. Carback, Daria Mochly-Rosen, Paul E. Harris. medRxiv Preprint 2022, DOI :

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