Un test RT-PCR de typage direct de la lignée révèle des informations sur la transition du domaine Omicron BA.1 à BA.2 en Suède

Dans une étude récente publiée dans Médecineles chercheurs ont surveillé la transition remarquablement rapide de la dominance de la sous-lignée Omicron BA.1 à BA.2 dans la population suédoise au début de 2022 au jour le jour à l’aide d’un test personnalisé de réaction en chaîne de la transcriptase inverse-polymérase (RT-PCR) à partir du typage de la lignée.

Arrière plan

En janvier 2022, la nouvelle variante préoccupante (VOC) d’Omicron du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) a causé environ 50 millions d’infections quotidiennes dans le monde, dépassant de loin le pic de 14 millions de cas Delta VOC en avril 2021. ces chiffres signifient un niveau sans précédent de transmission d’Omicron dans le monde.

Fin décembre 2021, au milieu de la vague Omicron BA.1 en Suède, la sous-lignée Omicron BA.2 (B.1.1.529.2) s’est rapidement répandue parmi la population suédoise. Les autorités sanitaires suédoises ont utilisé un test RT-PCR capable de génotyper les cas d’Omicron BA.1 directement dans les tests RT-PCR primaires du SARS-CoV-2, permettant un suivi quotidien des cas BA.1 à l’échelle de la population.

À propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont analysé 174 933 échantillons cliniques des voies respiratoires supérieures, y compris des écouvillons de gorge, des écouvillons nasaux et de la salive prélevés en Suède de janvier à mars 2022 à l’aide d’un test RT-PCR qui classe directement le statut de sous-lignée du SRAS-CoV-2. Ils ont démontré comment la sous-variante Omicron BA.1 était systématiquement surpassée par BA.2.

L’équipe a développé une version modifiée du test SARS-CoV-2 RT-PCR des Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Ils ont conçu des S combinatoires_BA1-ensembles d’amorces-sondes, correspondant aux propriétés de CDC N1 mais avec une longueur d’amplicon minimale pour obtenir un test multiplex de haute sensibilité et spécificité. Ce test modifié convenait à la RT-PCR sans extraction d’ARN sur des échantillons inactivés par la chaleur utilisés dans les tests en vrac. De plus, il a détecté simultanément l’état global de l’infection par le SRAS-CoV-2, l’intégrité de l’échantillon humain de RNaseP (RP-HEX) et l’état de la lignée Omicron BA.1 (S)._BA1-Cy5) profitant des mutations spécifiques de BA.1 dans le gène spike (S).

De plus, les chercheurs ont obtenu le premier in vitro Omicron BA.1 a élargi l’inoculum en Suède à partir de la base de données de l’Initiative mondiale sur l’échange de données sur la grippe aviaire (GISAID). Ils ont utilisé 185 échantillons cliniques des voies respiratoires supérieures de statut d’infection SARS-CoV-2 connu pour valider que l’ajout de S_BA1-Les sondes Cy5 n’ont pas affecté les seuils du cycle de la nucléocapside (N)1 (C_J) et la sensibilité pour détecter une infection générale par le SRAS-CoV-2 dans la RT-PCR primaire. La substitution C28311T à la troisième position de base de la sonde N1 a eu un effet négligeable sur C_J valeurs en testant avec des sondes personnalisées CDC N1 et Omicron N1.

Résultats de l’étude

Les auteurs ont observé que la sensibilité de détection et le C log-linéaire_J la plage était similaire pour N1 et S_BA1 est établi dans les conditions d’essai. Le génotypage parallèle d’échantillons positifs au SRAS-CoV-2 à l’aide du test de panel de mutation SARS-CoV-2 et du séquençage du génome entier (WGS) a fourni une classification de cas Omicron-BA.1 qui était 100 % cohérente avec l’étude qui a utilisé la RT-PCR directe essai.

Les auteurs ont également constaté que la lignée prédominante Omicron BA.1 était progressivement et régulièrement dépassée par Omicron BA.2 dans neuf districts de soins de santé suédois. Les données de l’étude ont également montré que les cas BA.2 avaient presque le double des niveaux d’acide ribonucléique (ARN) viral dans les voies respiratoires supérieures par rapport aux cas BA.1, ce qui suggère qu’une charge virale plus élevée contribue probablement à l’augmentation de la transmissibilité de la lignée BA.2. . Compte tenu de la transmission par gouttelettes et par aérosol du SRAS-CoV-2, ces résultats ont validé la notion selon laquelle une charge virale élevée contribue à une transmissibilité plus élevée de BA.2, puisque l’évasion immunitaire des deux sous-variants était similaire.

conclusion

L’étude a démontré la faisabilité et l’utilité du typage de la lignée des lignées ou variantes sélectionnées du SRAS-CoV-2 pour la surveillance de la population directement dans la RT-PCR primaire du SRAS-CoV-2, sans alourdir le laboratoire clinique avec des tests de RT-PCR de génotypage séparés. La surveillance des niveaux d’ARN viral après l’obtention des résultats du WGS biaise l’inclusion d’échantillons vers des échantillons fortement positifs. L’étude actuelle a montré un moyen d’éviter les retards et les goulots d’étranglement logistiques du génotypage à l’aide du séquençage WGS.

Le test de typage direct Omicron BA.1 utilisé dans la présente étude est apparu comme un ajout compatible non-extraction bien établi à la RT-qPCR du SRAS-CoV-2. Par conséquent, il pourrait être facilement mis en œuvre pour la surveillance instantanée de la transition Omicron BA.1/BA.2 et l’attribution de la lignée. En outre, il pourrait quantifier les niveaux d’ARN viral dans tous les échantillons d’une grande population. Fait important, il a utilisé un roman S_BA1-Ensemble d’amorces-sondes Cy5 qui pourrait être facilement remplacé pour détecter et surveiller d’autres variantes du SRAS-CoV-2 et s’adapter à d’autres virus à l’avenir.