Des chercheurs révèlent la capacité exceptionnelle d’Omicron à échapper au système immunitaire

La vague actuelle de COVID-19 met en évidence un risque particulièrement élevé de réinfection par la variante Omicron du SARS-CoV-2. Pourquoi est-ce? Une équipe du Centre des maladies virales émergentes de l’Université de Genève (UNIGE) et des Hôpitaux universitaires de Genève (HUG) a analysé la capacité de neutralisation des anticorps de 120 personnes infectées par la souche originelle du SARS-CoV-2, ou par une ses variantes Alpha, Beta, Gamma, Delta, Zeta ou Omicron (sous-variante BA.1). Et contrairement à ses prédécesseurs, Omicron semble être capable d’échapper aux anticorps générés par toutes les autres variantes. Chez les individus vaccinés, bien que la capacité neutralisante soit également réduite, elle reste bien supérieure à la seule immunité naturelle. Cela pourrait expliquer pourquoi Omicron est responsable d’une augmentation nette des infections liées à l’avancement des vaccins, mais pas des hospitalisations. Ces résultats sont à lire dans la revue communication nature.

Depuis le début de la pandémie, le Centre de dépistage ambulatoire des HUG propose le dépistage du SARS-CoV-2 à la communauté. « En tant que centre national de référence pour les maladies virales émergentes, nous avons la capacité de séquencer une grande partie des cas positifs pour surveiller l’apparition de nouveaux variants », explique Isabella Eckerle, professeure au Département de médecine de la Faculté de médecine de l’UNIGE et directrice du Centre des maladies virales émergentes HUG-UNIGE, qui a dirigé ces travaux. « Depuis le début de l’année 2020, nous avons collecté des échantillons du virus original et de toutes ses variantes apparues en Suisse, même les plus rares comme Gamma ou Zeta. Cela constitue une collection complète d’échantillons de personnes ayant des antécédents d’infection différents, collectés selon à un protocole identique.

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L’équipe de recherche a prélevé des échantillons de sang sur 120 volontaires préalablement infectés par l’un des différents variants, non vaccinés ou vaccinés et infectés, avant ou après vaccination. « Avec un âge moyen entre 28 et 52 ans, aucune comorbidité majeure et une forme légère à modérée de COVID-19, cette cohorte représente la majorité des cas dans la communauté », explique Isabella Eckerle.

Des niveaux d’anticorps dix fois plus élevés avec la vaccination

L’objectif était de déterminer dans quelle mesure les anticorps générés lors de la première infection pouvaient neutraliser les différentes variantes du SRAS-CoV-2. « Omicron s’est avéré le plus efficace pour déjouer l’immunité naturelle préexistante, ainsi que, dans une moindre mesure, celle induite par la vaccination », explique Benjamin Meyer, chercheur au Centre de vaccinologie du Département de pathologie et d’immunologie de la Faculté de médecine de l’UNIGE. En fait, les niveaux d’anticorps contre le SRAS-CoV-2 ancestral chez les personnes vaccinées sont environ 10 fois plus élevés que chez les personnes qui n’ont développé qu’une immunité post-infection. De plus, la combinaison des deux, connue sous le nom d’immunité hybride, semble maintenir des niveaux encore plus élevés et plus larges d’anticorps réactifs.

« Par conséquent, Omicron peut échapper à l’immunité existante et provoquer une infection, mais les hospitalisations et les décès dus au COVID-19, même avec Omicron, sont toujours réduits après la vaccination. » Cependant, le SARS-CoV-2 conserve une étonnante capacité à muter, qui semble également s’accélérer. « La surveillance est toujours de mise, d’autant plus que les courbes épidémiologiques ont considérablement augmenté depuis l’apparition de BA.5, la plus récente sous-variante d’Omicron », ajoute Isabella Eckerle.

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Les scientifiques ont également réalisé une cartographie antigénique des différentes variantes, basée sur le même modèle utilisé pour déterminer les modifications antigéniques de la grippe.

Cette méthode de calcul permet de représenter la distance entre les caractéristiques des antigènes des variants en question : plus ils sont éloignés, moins les anticorps générés lors d’infections antérieures seront efficaces. Il s’avère que le sérotype Omicron est totalement différent des autres, tout comme la variante Zeta, qui a rapidement disparu.

Meriem Bekliz, chercheuse postdoctorale dans le laboratoire d’Isabella Eckerle et première auteure de cette étude

Avancées dans la compréhension des virus

Jamais auparavant un virus respiratoire n’avait été examiné d’aussi près. « Ce virus, qui appartient à la même famille de coronavirus qui causent près d’un tiers des rhumes, peut, en l’absence de mesures, se propager comme une traînée de poudre dans des populations sans immunité pour le combattre », explique Benjamin Meyer.

« Nous disposons désormais d’outils de séquençage moléculaire et d’observation qui étaient inconnus il y a quelques années ; les découvertes que nous faisons aujourd’hui ouvrent des perspectives et des connaissances qui seront utiles bien au-delà du SARS-CoV-2. La pandémie de COVID-19 a également permis une accélération sans précédent de la recherche sur les vaccins. Plusieurs équipes travaillent désormais sur des vaccins par pulvérisation nasale, plus faciles à administrer et surtout capables d’agir directement sur les muqueuses du nez et de la gorge, là où ils sont le plus utiles.

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