Comment la pandémie de COVID-19 a-t-elle eu un impact sur l’épidémiologie des bactéries résistantes aux antibiotiques ?

Dans un article publié dans le bioRxiv* Serveur de préimpression, la modélisation mathématique a été utilisée pour explorer comment les réponses comportementales à la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) affectent la résistance aux antimicrobiens (RAM) dans les communautés.

Les résultats ont montré que les réponses comportementales à la pandémie de COVID-19 peuvent influencer la résistance aux antibiotiques dans les populations.

Arrière plan

La RAM est une menace émergente pour le traitement et la gestion des maladies et est considérée comme une pandémie silencieuse. Une préoccupation majeure est la propagation mondiale rapide de bactéries pathogènes multirésistantes et panrésistantes (également appelées « superbactéries ») qui ne sont pas sensibles aux agents antimicrobiens existants.

L’évolution des bactéries, des virus, des champignons et des parasites au fil du temps entraîne une résistance aux antimicrobiens, ce qui rend les infections difficiles à traiter et augmente le risque de transmission de maladies, de maladies potentiellement mortelles et de décès. La résistance aux antimicrobiens rend les antibiotiques et autres médicaments antimicrobiens inefficaces en raison de la résistance aux médicaments, ce qui rend le traitement de plus en plus difficile, voire impossible.

Au milieu des efforts mondiaux pour lutter contre la RAM, la pandémie de COVID-19 en cours a détourné une quantité considérable de ressources de santé publique, qui ont été réorientées vers la lutte contre l’infection par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) -CoV-2) et le confinement du COVID -19.

Les preuves suggèrent que la surutilisation ou l’abus d’antimicrobiens associés à la COVID-19 aggrave la résistance aux antimicrobiens, comme cela a été démontré pendant et après la vague pandémique initiale. Pendant ce temps, les initiatives conçues pour contrôler les transmissions du SRAS-CoV-2, telles que les confinements, la distanciation sociale, les restrictions de voyage et l’utilisation d’équipements de protection barrière tels que les masques faciaux, peuvent avoir simultanément réduit la propagation des agents pathogènes résistants aux antimicrobiens.

On ne sait pas comment d’autres effets épidémiologiques mondiaux, tels qu’une capacité de surveillance inadéquate, un approvisionnement en antimicrobiens interrompu et une composition altérée du microbiome humain, peuvent modifier la dynamique épidémiologique de la résistance aux antimicrobiens.

Des études antérieures ont exploré l’interaction bactérie-virus pour comprendre comment les interactions d’agents pathogènes, tels que la grippe et pneumonie à stéotocoque peuvent affecter la santé publique. Cependant, une recherche systématique dans PubMed n’a trouvé aucun modèle épidémiologique décrivant la propagation simultanée du SRAS-CoV-2 et des bactéries résistantes aux antibiotiques.

L’objectif de la recherche actuelle était de démêler l’impact de la pandémie actuelle de COVID-19 sur la prévalence et l’incidence des bactéries résistantes aux antibiotiques.

Pour étudier le mécanisme et l’impact de la charge d’infection du SARS-CoV-2 sur les paramètres épidémiologiques, les chercheurs ont développé un modèle de transmission qui simule l’infection et la colonisation de bactéries sensibles et résistantes en même temps que le SARS-CoV-2. . S. pneumoniae a été utilisé comme indicateur de la colonisation bactérienne en raison de sa forte incidence dans les milieux communautaires, de la multirésistance variée entre les pays et des différences démographiques, et aussi parce que les blocages de COVID-19 de 2020 ont efficacement contrôlé la transmission de cette espèce .

À propos de l’étude

La présente étude a examiné six circonstances pandémiques variables sur 90 jours, chacune d’entre elles émettant l’hypothèse des effets du COVID-19 sur la prescription d’antibiotiques et le comportement de contact entre les individus, ainsi que la présence ou l’absence d’un verrouillage à l’échelle de la population. . Les infections par le SRAS-CoV-2 étaient considérées comme un processus susceptible-exposé-infectieux-récupéré (SEIR), entraînant la transmission d’infections par exposition à des personnes infectées.

De plus, les circonstances ont été analysées à l’aide de la simulation pour évaluer les effets de la prévalence des porteurs microbiens, les niveaux de résistance aux antibiotiques et l’incidence des maladies bactériennes invasives (MII) causées par des bactéries résistantes aux antibiotiques. L’étude a examiné comment des facteurs tels que l’émergence de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2, les interactions virales au sein de l’hôte et les niveaux d’immunité hétérogènes entre les populations pourraient influencer l’incidence des MII.

Compte tenu des plus de 100 sérotypes différents de S. pneumoniaeOutre le fait que la durée du portage du pneumocoque varie selon l’âge, deux analyses de sensibilité distinctes ont été réalisées. Ici, les chercheurs ont examiné comment ces paramètres peuvent influencer l’incidence des MICI et la résistance aux antibiotiques en ajustant la durée du transport bactérien. [20, 30, and 50 days] et le coût de faisabilité de la résistance [0, 0.03, and 0.05] en maintenant la même valeur R0 de colonisation bactérienne que dans la première étude.

Les chercheurs ont également examiné les changements dans l’incidence des MII et la résistance aux antimicrobiens pour différentes combinaisons de paramètres afin de déterminer les impacts avec la même résistance bactérienne initiale, ainsi qu’avec une résistance bactérienne initiale variable. Ce modèle pourrait être appliqué à tout agent pathogène bactérien résistant pouvant coloniser simultanément avec une infection par le SRAS-CoV-2.

Les résultats

On a observé que les vagues pandémiques de COVID-19 augmentaient la résistance aux antibiotiques malgré les confinements et la colonisation bactérienne restreinte. Les taux de résistance aux antimicrobiens avaient tendance à augmenter avec l’augmentation des paramètres d’infections rampantes par le SRAS-CoV-2.

Il a été constaté que les confinements à l’échelle de la population supprimaient la colonisation des bactéries sensibles aux antibiotiques et la prévalence des bactéries résistantes aux antibiotiques, ainsi que l’incidence des MII, de plus de 70 %. Alors que la non-mise en œuvre des confinements dans le contexte de la pandémie a augmenté la prévalence des bactéries résistantes aux antibiotiques par rapport aux bactéries sensibles aux antibiotiques. Par conséquent, une augmentation du taux de résistance aux antibiotiques a été enregistrée dans tous les scénarios, bien qu’à des degrés divers, ce qui a eu des impacts durables, principalement après le non-respect des mesures préventives contre le COVID-19.

De plus, les périodes de non-confinement ont vu une tendance à la hausse des prescriptions d’antibiotiques, d’autant plus que le nombre d’infections par le SRAS-CoV-2 a culminé, entraînant la plus forte augmentation du taux de résistance (23 %) et de l’incidence des MII résistantes (6 %) . Les variants du SRAS-CoV-2 et l’immunité de la population semblaient déterminer l’ampleur des impacts pandémiques sur l’incidence des MII résistantes par le biais d’expositions au sein de la communauté. Une analyse de sensibilité a révélé que l’ampleur de ces effets variait d’une espèce bactérienne à l’autre.

En plus de leur grande hétérogénéité au sein des pays et entre eux, les variants du SARS-CoV-2 avec différents niveaux de transmissibilité et de gravité peuvent conférer des effets différentiels sur la résistance aux antimicrobiens. L’infection par le SRAS-CoV-2 peut favoriser la progression de la colonisation à la maladie, tandis que les épidémies de COVID-19 semblaient précipiter une augmentation des affections à médiation immunitaire (IBD) résistantes aux antibiotiques.

Cependant, l’impact global du COVID-19 sur la RAM reste incertain et variera considérablement à court, moyen et long terme, selon l’agence et le contexte en question.

Il est important de noter que si le modèle utilisé dans cette étude a été construit et paramétré autour de S. pneumoniae, d’autres espèces bactériennes peuvent avoir été affectées différemment par l’épidémie de COVID-19.

Les résultats suggèrent que les réponses à la pandémie de COVID-19 pourraient affecter de manière significative la résistance aux antibiotiques dans la communauté, soulignant l’importance de surveiller la résistance pendant les épidémies pandémiques.

*Nouvelles importantes

bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et ne doivent donc pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique ou les comportements liés à la santé, ou être traités comme des informations établies.