La dernière torsion COVID: la nouvelle variante XBB gagne en force grâce à la recombinaison, en contournant l’immunité et en amplifiant la fusogénicité

Dans une récente étude publiée dans la revue communication natureLes enquêteurs explorent les caractéristiques virologiques de la variante XBB du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2).

Étude: Caractéristiques virologiques de la variante SARS-CoV-2 XBB dérivée de la recombinaison de deux sous-variantes d’Omicron. Crédit d’image : Kichigin/Shutterstock.com

Qu’est-ce que la variante XBB ?

En décembre 2022, les sous-variants SARS-CoV-2 Omicron subissaient une évolution convergente, avec des substitutions se produisant au niveau des mêmes résidus de protéine de pointe (S). XBB, une nouvelle variante recombinante, a depuis émergé avec la diversification et l’évolution convergente de nouvelles sous-variantes d’Omicron telles que BQ.1.1.

On pense que la variante Omicron XBB est issue de la combinaison de deux descendants de BA.2, BJ.1 et BM.1.1.1, un descendant de BA.2.75. Des études antérieures ont décrit les caractéristiques virologiques de BQ.1 ; cependant, les caractéristiques de XBB restent floues.

À propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs étudient les caractéristiques virologiques de la sous-variante Omicron XBB du SRAS-CoV-2, en se concentrant sur sa transmissibilité, son affinité de liaison à l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2) et sa résistance immunitaire.

Des sérums convalescents ont été obtenus à partir de personnes entièrement vaccinées qui avaient contracté des infections SARS-CoV-2 BA.2 et BA.5. De plus, des sérums vaccinaux provenant de quatre doses ont été obtenus auprès d’individus qui avaient reçu le vaccin bivalent BA.1, le vaccin monovalent et le vaccin bivalent BA.5. Les séquences virales ont été confirmées par analyse de séquençage de l’acide ribonucléique (ARN) viral.

Environ 100 séquences aléatoires ont été récupérées de chacune des sous-variantes Omicron BA.1, BA.2, BA.4 et BA.5, ainsi que 20 séquences aléatoires de BQ.1.1, BA.2.75, BJ.1 et BM 1.1.1, pour déterminer la relation générale entre BJ.1 et BM.1.1.1, les lignées parentales XBB, avec d’autres variantes d’Omicron. Ces séquences ont été comparées au génome de référence SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1 et converties en un alignement de séquences multiples.

La dynamique épidémique associée aux lignées virales a été analysée à l’aide des données de surveillance génomique virale de la base de données de l’Initiative mondiale pour le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID). De plus, les chercheurs ont estimé le nombre relatif de reproduction effective (R_mon) pour les lignées liées à XBB en Inde, fréquences épidémiques de XBB et BQ.1 dans chaque pays, et R global et spécifique à chaque pays_mon valeurs des lignées BQ.1 et XBB dans les pays où ces variants étaient les souches circulantes dominantes.

Résultats

Un point d’arrêt de recombinaison unique à la position génomique 22 920 a été identifié grâce à une évaluation robuste de la recombinaison de l’ensemble de séquences alignées, qui était unique à toutes les séquences XBB et correspondait au génome de référence Wuhan-Hu-1. L’ensemble de données n’a révélé aucune recombinaison dans les séquences BJ.1 et BM.1.

L’ancêtre commun le plus récent (tMRCA) du clade XBB était présent en juillet 2022; cependant, le tMRCA des lignées BJ.1 et XBB était daté de début juin 2022. Par conséquent, XBB est probablement né à l’été 2022 lorsque BM.1.1.1 et BJ.1 se sont recombinés.

XBB.1 a présenté une résistance 30 fois supérieure contre les sérums d’infection percée BA.2. De même, les substitutions V83A, Q183E, Y144del, L368I, R346T, F486S, V445P et F490S étaient significativement résistantes contre les sérums d’infection BA.2.

Alors que les substitutions individuelles ont un impact mineur sur la résistance immunitaire, plusieurs substitutions au sein de la protéine XBB.1 S agissent ensemble pour fournir une résistance contre l’immunité humorale causée par une infection BA.2 avancée. BA.2.75 présentait une résistance significative contre les sérums d’infection BA.5 par rapport à BA.2. De plus, XBB.1 était associé à une résistance significative contre les sérums d’infection percée BA.5.

Le domaine de liaison au récepteur XBB.1 S (RBD) avait une affinité de liaison inférieure au récepteur ACE2 humain par rapport au RBD ancestral BA.2 S. La substitution de R346T dans XBB.1 et BQ.1.1 a amélioré l’affinité de liaison de BA. 2 S RBD à ACE2. L’affinité de liaison améliorée du XBB.1 S RBD par rapport au BA.2 S RBD était due à trois substitutions spécifiques dans le RBD, notamment L368I, R346T et N460K.

Le pseudovirus XBB.1 était 7,6 fois plus infectieux que le pseudovirus BA.2, car ce RBD viral a subi une augmentation marquée de l’infectivité du pseudovirus en raison de deux substitutions de R346T et L368I.

Y144del et G252V, deux substitutions dans le domaine N-terminal (NTD), ont significativement réduit l’infectivité du pseudovirus. Comparativement, les substitutions V83A dans le NTD ont augmenté de manière significative l’infectivité du pseudovirus.

conclusion

XBB présente une forme physique supérieure et résiste à l’immunité humorale antivirale déclenchée par des infections percées de variantes antérieures d’Omicron. Par conséquent, les variantes locales du SRAS-CoV-2 avec une meilleure forme physique sont susceptibles de se propager à l’échelle mondiale, comme ce qui a été observé avec XBB. Ces résultats soulignent l’importance de la surveillance génomique virale continue pour évaluer en permanence le risque de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2.