Tarun Sai Lomté

Excrétion de coronavirus par les chauves-souris frugivores en Afrique avec potentiel de transmission d’agents pathogènes zoonotiques

Dans une récente étude publiée dans la revue un de plusLes chercheurs ont évalué les schémas d’excrétion temporaire du coronavirus (CoV) dans Eidolon helvumla chauve-souris frugivore de couleur paille.

E. helvum c’est un ptéropodide largement répandu en Afrique tropicale qui peut migrer sur des milliers de kilomètres ; ils se perchent sur les arbres pour former des colonies dynamiques, abritant des millions. La chauve-souris est considérée comme un disperseur de graines unique en raison de sa migration. Ainsi, la préservation de E. helvum il est crucial pour l’Afrique tropicale. Cette espèce s’est adaptée à la perte d’habitat en se reposant dans les arbres des zones urbaines. Cela expose potentiellement les humains aux excrétions de chauves-souris et aux espèces pathogènes qui s’y trouvent.

Des études menées dans des colonies de chauves-souris urbaines et non urbaines ont rapporté la présence d’acides nucléiques viraux et l’isolement de plusieurs virus de différentes familles taxonomiques. La famille de virus Coronaviridae a déjà été détectée chez cette espèce. Cependant, les schémas d’excrétion du CoV chez cette espèce de chauve-souris restent mal définis et il existe un manque général de compréhension de l’écologie du CoV chez les chauves-souris africaines.

Étude : Excrétion saisonnière de coronavirus par des chauves-souris frugivores de couleur paille dans des dortoirs urbains en Afrique.  Crédit d'image : Ondrej Prosicky/ShutterstockÉtude : Excrétion saisonnière de coronavirus par des chauves-souris frugivores de couleur paille dans des dortoirs urbains en Afrique. Crédit d’image : Ondrej Prosicky/Shutterstock

À propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont étudié les schémas d’excrétion du CoV dans E. helvum perchoirs pour proposer des stratégies réalistes qui soutiennent une coexistence plus sûre et plus éthique de cette espèce avec les humains. Ils ont étudié deux colonies urbaines de cette espèce de chauve-souris, situées à Accra, au Ghana, et à Morogoro, en Tanzanie. La colonie d’Accra a été étudiée entre mars 2017 et février 2018, tandis que le gîte de Morogoro a été étudié entre août 2017 et juillet 2018.

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Le nombre de chauves-souris dans chaque gîte a été compté mensuellement. 97 échantillons de selles ont été prélevés mensuellement sur chaque perchoir. L’ARN a été extrait de 2328 échantillons fécaux et des bibliothèques d’ADNc ont été préparées. Deux tests de réaction en chaîne par polymérase (PCR) ont été utilisés pour identifier les CoV connus et nouveaux. Les produits amplifiés ont été clonés et séquencés. Une recherche d’outil de recherche d’alignement local de base (BLAST) a été effectuée pour comparer les séquences avec les séquences de gènes CoV existantes.

Le cycle de reproduction des chauves-souris a été estimé sur la base 1) des données précédentes des auteurs d’Accra et de Morogoro, 2) des observations précédentes des deux gîtes, 3) du pouls de naissance et de la période de lactation signalés, 4) du pouls de naissance annuel synchronisé de cette espèce, et 5 ) hétérogénéité du temps de gestation, de l’œstrus et du pouls au vêlage. Le début de la période de lactation, la fin de l’impulsion de naissance et le début de la période de sevrage ont été supposés être respectivement le 15 avril, le 15 juin et le 16 juin à Accra.

À Morogoro, l’équipe a désigné le 15 décembre comme début de la période de lactation, les 15 et 16 février comme date de naissance du dernier pouls et le début de la période de sevrage. Le reste de la période de l’année a suivi immédiatement après ces points dans le temps. L’association entre l’excrétion de CoV et le cycle de reproduction a été évaluée à l’aide de deux modèles logistiques (effets fixes et modèles hiérarchiques).

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Le panneau A montre les emplacements des gîtes en Afrique.  Le panneau B montre certains des arbres occupés à l'hôpital militaire 37 à Accra, au Ghana et le panneau C montre des chauves-souris se perchant au marché de Kikundi à Morogoro, en Tanzanie.

Le panneau A montre les emplacements des gîtes en Afrique. Le panneau B montre certains des arbres occupés à l’hôpital militaire 37 à Accra, au Ghana et le panneau C montre des chauves-souris se perchant au marché de Kikundi à Morogoro, en Tanzanie.

recommandations

La colonie de chauves-souris de Morogoro a atteint son maximum d’abondance en février 2018, avec 45 000 habitants, tandis que le gîte d’Accra a culminé en décembre 2017 avec plus d’un million d’habitants. Quatorze échantillons fécaux d’Accra et 125 de Morogoro ont été testés positifs pour le CoV. La proportion mensuelle d’échantillons fécaux positifs était variable, atteignant un maximum de 0,24 à Morogoro et 0,04 à Accra.

La proportion d’échantillons positifs pendant les périodes de lactation et de sevrage était de 0 et 0,018 à Accra, et de 0,088 et 0,153 à Morogoro, respectivement. Les analyses BLAST ont révélé que tous les CoV identifiés dans la présente étude présentaient une séquence par paire identifiée avec les CoV de chauve-souris Eidolon du genre Beta-CoV.

Selon le modèle à effets fixes, les probabilités d’élimination du CoV étaient de 1,24 à 2,65 fois plus élevées que sur la période du reste de l’année. Par rapport à la période de lactation, la période de sevrage avait entre 1,06 et 3,16 fois plus de risques d’excrétion de CoV. Le modèle hiérarchique a montré des probabilités plus élevées d’élimination du CoV dans les derniers mois de la période de sevrage par rapport à la période du reste de l’année. De plus, les risques d’excrétion de CoV ont augmenté pendant le pic de la période de sevrage par rapport à la période de lactation.

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conclusion

En résumé, les CoV détectés dans les échantillons fécaux de chauve-souris des deux gîtes avaient une identité de séquence élevée avec le CoV de chauve-souris Eidolon. Il n’y avait aucune preuve suggérant que les CoV détectés dans les deux abris constituaient une menace pour la santé publique, sauf preuve du contraire. Les résultats confirment le modèle de mue saisonnière du CoV dans les deux gîtes, avec une mue maximale pendant la saison de sevrage.

Dans l’ensemble, les résultats suggèrent que les ressources pour prévenir le contact homme-chauve-souris devraient être consacrées aux saisons de sevrage et limiter l’accès humain aux gîtes et aux zones adjacentes. De plus, la consommation de chauves-souris en général devrait être découragée et la chasse/vente saisonnière interdite. Ces recommandations pour limiter l’exposition entre l’homme et les chauves-souris s’appliquent à tous E. helvum dort dans toute l’Afrique.

Référence du magazine :
  • Montecino-Latorre D, Goldstein T, Kelly TR, et al. Excrétion saisonnière du coronavirus par les roussettes jaune paille dans les dortoirs urbains en Afrique. Lebarbenchon C, éd. un de plus2022. DOI : 10.1371/journal.pone.0274490,

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